Šolski orkester je s svojim delovanjem začel v letu 2005. Njegov prvi vodja je bil Klemen Saksida, nasledila ga je Kristina Kovačič, od leta 2007 do 2011 je orkester deloval pod taktirko Tomaža Škamperleta, v šolskem letu 2012/13 pa je orkester vodila Tina Rustja. Trenutno orkester vodi Nejc Kovačič, ki sicer v godbeniški šoli poučuje trobila.

V šolski pihalni orkester so vključeni otroci in mladostniki, ki obiskujejo nižje razrede godbeniške šole. Z veseljem medse sprejmejo tudi tiste otroke, ki že znajo igrati kakšen instrument in imajo željo po igranju v orkestru. S sodelovanjem v orkestru se mladi glasbeniki naučijo osnov igranja v pihalnem orkestru in pridobijo dragocene izkušnje, ki jim kasneje omogočijo vstop v Pihalni orkester Vogrsko.

Da je glasba lahko tudi neizmeren vir veselja, so potrdili mladi godbeniki, ko so se v aprilu leta 2011 udeležili 1. tekmovanja mladinskih godb v Ljubljani. Tekmovali so v kategoriji A, kjer je bila povprečna starost godbenikov do 14 let. Na podlagi zbranih točk mednarodne žirije so dosegli  srebrno plaketo. Člani šolskega orkestra so se udeležili tudi srečanja pihalnih orkestrov v Piranu, gostovali so v Proseku. Z veseljem so se odzvali tudi vabilom na različne prireditve. V septembru 2011 se je večina godbenikov iz šolskega orkestra pridružila Pihalnemu orkestru Vogrsko. Tako je Šolski orkester v marcu 2012 znova začel delovati kot zasedba najmlajših učencev Godbeniške šole Vogrsko.

V šolskem letu 2014/15 je za dirigentski pult stopil Nejc Kovačič. Skupaj z vse večjo zasedbo godbenikov v šolskem orkestru že pridno vadijo in tudi nastopajo.