Glavni odbor SLS je najvišji organ stranke med dvema kongresoma. Glavni odbor stranke sestavljajo predsedniki občinskih oziroma mestnih odborov stranke, predsedniki regionalnih odborov, predsednik stranke, trije podpredsedniki stranke, člani Izvršilnega odbora SLS, predsednik Nadzornega odbora SLS, predsedniki klubov in zvez na nacionalni ravni ter predsednik podmladka. Člani Glavnega odbora SLS so po svojem položaju tudi poslanci stranke v Državnem zboru RS in Evropskem parlamentu, svetniki v Državnem svetu RS in ministri iz vrst stranke.
Naloge Glavnega odbora SLS so, da določa usmeritve in delo stranke med dvema kongresoma, sprejema letni program stranke, obravnava in ocenjuje delo stranke v preteklem enoletnem obdobju, odloča o sklepanju koalicijskih pogodb in dogovorov o političnem sodelovanju, v nujnih primerih na predlog IO stranke odloča o spremembah in dopolnitvah Statuta SLS, izvede nadomestne volitve na izpraznjena oziroma nezasedena mesta v organih stranke, odloča o vprašanjih s področja dela stranke, kadar gre za nacionalne interese ali pa vprašanja presegajo pristojnosti IO stranke.