Od januarja 1993 do odstopa junija 1994 je bil
Ivo Bizjak minister za notranje zadeve v Vladi RS. Ta funkcija pomeni prelom v njegovi karieri. Dne 18. marca 1994 je v pravem (proti)obveščevalnem spopadu Bizjakovega ministrstva in ministrstva za obrambo, ki ga je vodil Janez Janša, izbruhnila afera D