Pomembnejša vodna telesa so še Gajševsko in Selniško jezero ter vodonosnik Murske ravnine kot vir pitne vode.
V Sloveniji se monitoring voda izvaja na podlagi Zakona o vodah, Zakona o varstvu okolja ter vrsto podzakonskih aktov. Urejajo ga pravilniki o obratovalnem monitoringu stanja površinskih in podzemnih voda ter druga nacionalna zakonodaja in operativni programi. Pravilniki določajo parametre, obseg, metodologijo vzorčenja, merjenja in analiziranja vzorcev, vsebino poročila ter način in obliko evidentiranja in sporočanja podatkov o obratovalnem monitoringu stanja voda. Pravilniki prav tako določajo mesta vzorčenja, parametre in obseg obratovalnega monitoringa stanja voda zaradi vpliva odlaganja odpadkov na stanje površinskih voda.
Pri površinskih vodah se izvaja monitoring ekološkega in kemijskega stanja voda medtem ko se na podtalnih vodah izvaja monitoring kemijskega in količinskega stanja voda. Na površinskih vodah, ki ležijo znotraj posebnih varstvenih območij se izvaja dodatni monitoring glede na posebne zahteve ki so določene za varstveno območje.
Programe monitoringov pripravi Agencija RS za okolje , ki skrbi za izvedbo , kontrolira podatke in izdela oceno stanja. Vsi programi monitoringov kot tudi poročila o stanju voda so dostopna na spletnih straneh Agencije RS za okolje (http://www.arso.gov.si/vode/).
ARSO na podlagi javnega razpisa podeli izvedbo državnega monitoringa kakovosti voda javnemu zavodu ustanovljenemu za izvajanje opazovanja le teh pojavov. Do leta 2017 so izbrane institucije, Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, Nacionalni inštitut za biologijo in Zavod za ribištvo Slovenije.